Фамилия Черухина — женская форма фамилии Черухин. В основе её, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Черуха. Такие имена на -уха были распространены в русской деревне и несли оттенок просторечия, иногда пренебрежения, а иногда и ласки: «чернуха» — что-то чёрное, тёмное, либо человек с тёмными волосами или смуглой кожей.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Черухин значит «сын Черухи» или «человек из рода Черухи». По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же часты, как на -ов на юге. Встречаются однокоренные фамилии Черухин, Черухов, Черушев — все они восходят к одному корню.

Редкая версия связывает фамилию с диалектным глаголом «черухать» — стучать, греметь, или с названием птицы — чернеть, чернушка. Но надёжных подтверждений у этих гипотез нет, проще остановиться на прозвище по внешнему признаку: черный, темный человек.

Сословно фамилия не аристократическая: Черухины — это крестьяне или мещане. В дореволюционных записях фамилия изредка встречается в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях. В современной России Черухины живут преимущественно в Поволжье и на Урале.