Фамилия Черухин — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неочевидное происхождение. На первый взгляд, корень «чер-» наталкивает на связь с цветом (чёрный) или с глаголом «чертить». Однако суффикс «-ух-» в русских фамилиях встречается редко и указывает на иную природу слова.

Модель образования здесь — от прозвища или имени, оканчивающегося на «-уха». Суффикс «-ин» стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — «Черухин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Черуха. Само прозвище Черуха могло возникнуть от диалектного глагола «черухать» — в некоторых говорах это означало «черкать», «чиркать», то есть быстро и небрежно писать или рисовать. Так могли прозвать писаря, иконописца или просто человека с неразборчивым почерком.

Более правдоподобная версия отсылает к личному имени. В дохристианской Руси было распространено имя Черуха — уменьшительная форма от Чернь или Черняй, которые, в свою очередь, давались по тёмному цвету волос или кожи. Имя Черуха фиксируется в древнерусских грамотах, и фамилия от него — типичный случай, когда отчество застыло в виде фамилии. В этом смысле Черухин — родственник более частых Черновых и Черняевых.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. В документах XVII–XVIII веков Черухины встречаются среди крестьян и однодворцев Тульской, Рязанской и Тамбовской губерний. Однодворцы — особое сословие, занимавшее промежуточное положение между крестьянами и дворянами, что говорит о том, что предки носителей фамилии могли быть не крепостными, а мелкими землевладельцами, нёсшими сторожевую службу.

В написании фамилии нет вариативности: Черухин пишется через «е», хотя в говорах могла звучать как «Чирухин». Путаница с фамилией Чернухин маловероятна — суффиксы разные, и обе фамилии имеют независимые корни. Если искать однокоренные, то ближе всех будет редкая фамилия Черуха, а также прозвищные Черух и Черуша, от которых, впрочем, фамилий не сохранилось.