Фамилия Честухин образована по ясной и типичной для русского севера модели: от прозвища или мирского имени Честуха с помощью патронимического суффикса -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я и указывал на принадлежность: Честухин — буквально «сын Честухи». Гораздо реже встречается вариант с суффиксом -ов (Честухов), но именно форма на -ин закрепилась как основная.

Само прозвище Честуха происходит от глагола «честить» — в старом значении «почитать, оказывать честь», но также и «бранить, ругать, поносить». Двойственность смысла типична для русских прозвищ: Честухой могли назвать либо человека, который любил, чтобы его чествовали, задаваку, либо, наоборот, того, кто сам кого-то честил — сварливого, бранчливого. Вторая версия правдоподобнее: в диалектах слово «честуха» фиксируется именно в значении «бранчливый человек, скандалист». Есть и другая, менее вероятная гипотеза — связь с диалектным «чест» (честь, почет), но она не подкреплена лексикографическими данными.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. По данным переписей и метрических книг XIX века, Честухины встречаются в Вологодской, Костромской и Вятской губерниях — на территориях, где суффикс -ин был особенно распространен и где активно бытовала глагольная основа «честить» в негативном оттенке. В южных и западных губерниях фамилия почти не фиксируется.

С точки зрения социального состава, Честухины — почти наверняка крестьянский род. Фамилии на -ин от прозвищ с бытовой, часто нелестной характеристикой редко встречались у дворянства или духовенства. Прозвище давалось в деревне по поведению человека, а потом закреплялось за его потомками как фамильное имя.

В написании фамилия устойчива: вариант «Чистухин» (от «чистый») — ошибочный, хотя на слух они близки. Разные корни: «чист-» и «чест-» — указывают на разную семантику, и путать их не стоит. В документах XVIII–XIX веков встречается написание «Честухинъ», что лишь отражает старую орфографию.