Фамилия Чистакова — женская форма фамилии Чистаков, и её основа та же: прозвище Чистак или Чистяк. В русской ономастике это типичная «чистая» фамилия, образованная от прилагательного «чистый» с помощью суффикса -ак, который в древнерусском языке часто служил для характеристики человека по внешнему виду или поведению. Чистаком могли назвать опрятного, аккуратного человека, того, кто следил за собой и своим домом. Но есть и другая, более прозаичная версия: в северных и сибирских говорах «чистяком» называли лесной участок, очищенный от кустарника и валежника под пашню или сенокос. Тогда прозвище могло достаться крестьянину, который жил на такой расчищенной земле или занимался её расчисткой.

Суффикс -ов в мужской форме Чистаков указывает на принадлежность: «сын Чистака». Такая модель — одна из самых распространённых в русских фамилиях, и она не оставляет сомнений в том, что фамилия закрепилась в XVI–XVII веках, когда прозвища начали переходить в наследственные именования. Интересно, что фамилия Чистаков встречается реже, чем однокоренные Чистов или Чистяков, что делает её менее «заезженной» в документах. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются как типичные для прозвищной группы — без намёка на духовное сословие или иностранное влияние.

Среди носителей фамилии Чистакова нет громких исторических фигур, которые были бы широко известны, — это скорее фамилия простых людей: крестьян, мещан, мастеровых. В архивных записях XIX века Чистаковы чаще всего фиксировались в центральных и северных губерниях России, особенно в Вологодской и Костромской, где слово «чистяк» в значении «расчищенное место» было в ходу. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был либо человеком чистоплотным и аккуратным, либо земледельцем, осваивавшим новые участки под пашню.