Фамилия Чистаков на первый взгляд кажется прозрачной: чистота, чистый. Но здесь есть тонкость, которая ускользает при беглом взгляде. В русских фамилиях на -ов корнем чаще всего выступает прилагательное, но в данном случае основа — не «чист», а «чистак». Слово «чистак» в старых говорах означало не просто опрятного человека, а того, кто любит чистоту до педантичности, возможно, даже брезгливого. В некоторых регионах так называли человека, который тщательно следит за одеждой и жильем, — прозвище скорее уважительное, чем насмешливое.

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: прозвище на -ак (чистак) плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Чистака». Суффикс -ак в русской ономастике часто указывал на носителя качества или профессии (рыбак, чудак), и в фамилии Чистаков он сохраняет это значение. В отличие от фамилии Чистов, образованной напрямую от прилагательного, Чистаков подчеркивает деятельного носителя чистоты — не просто «чистый», а «тот, кто делает чисто».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с топонимом: в России есть несколько деревень с названием Чистаково, и фамилия могла возникнуть как указание на выходца оттуда. Однако для фамилий на -ов первичным обычно служит личное прозвище, а не географическое название.

Интересно, что фамилия Чистаков встречается заметно реже, чем однокоренные Чистов или Чистяков. Последняя, кстати, образована не от «чистяка», а от церковного имени Чистяк (календарная форма, редкая), что создает ложное впечатление родства. Чистаков же — фамилия бытовая, прозвищная, без церковного следа. В архивных записях XVII–XVIII веков она фиксируется в основном в центральных и северных губерниях, что указывает на её исконно великорусское происхождение.