Фамилия Чистёхина образована от прозвища или мирского имени Чистёха. Основа здесь — прилагательное «чистый», но не в переносном, а в прямом значении: так в русских говорах называли опрятного, аккуратного человека, любителя порядка. Суффикс -ёх(а) — редкая для фамилий, но характерная для северных и сибирских говоров модель: она превращает качество в прозвище (ср. тихоня, грязнуля, но в ином стилистическом ключе). Фамилия на -ин типична для русской ономастики: она указывает на принадлежность к роду Чистёхи — «чей?» — «Чистёхин сын», «Чистёхина дочь».

Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Чистёхина. В письменных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Основной ареал — возможно, северные области России (Архангельская, Вологодская) или Урал, где суффикс -ёха был продуктивен. В XIX веке такие прозвища часто закреплялись за крестьянами или мещанами, но не переходили в дворянские роды из-за своей простонародной окраски.

Спорных версий немного. Можно предположить связь с глаголом «чистить» — например, прозвище мог получить трубочист или скорняк, но это менее вероятно: суффикс -ёха обычно образует прозвища по характеру, а не по профессии. Редкость фамилии делает её особенно ценной для генеалогии: если ваши предки — Чистёхины, вы, вероятно, найдёте их в метрических книгах одного-двух уездов, а не разбросанными по всей стране.