Фамилия Чистило звучит как глагол в повелительном наклонении, и это не случайно. Она входит в группу так называемых «командных» фамилий, образованных от формы повелительного наклонения глагола: Чистило буквально означает «чисти». Подобные фамилии (Дубило, Гуляй, Тянирядко) были распространены на Украине, в Белоруссии и на юге России. В XVI–XVII веках так могли назвать не самого человека, а его отца или деда, который получил прозвище за какую-то привычку, профессию или особенность характера: например, за любовь к порядку или работу чистильщиком.

Вторая версия, более прозаичная, связывает фамилию с инструментом. В некоторых говорах «чистило» — это приспособление для очистки чего-либо: скребок, швабра, щётка. Если предок занимался ремеслом, связанным с чисткой (кожевник, истопник, дворник), его могли прозвать по орудию труда. Такой тип прозвищ характерен для западнорусских и украинских земель.

Суффикс -ило характерен для украинской ономастики и реже встречается в русских фамилиях. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые указывали на принадлежность («чей сын?»), форма Чистило сразу давала прозвище — называла человека по действию. В документах XVII–XVIII веков встречаются похожие прозвища: Чистик, Чистюля, а также Чистило как самостоятельное именование.

География фамилии — преимущественно Украина и южные регионы России (Белгородская, Курская области). Встречается и в Белоруссии, но реже. В современных справочниках фамилия не входит в число распространённых, что говорит о её локальном происхождении: скорее всего, она возникла в одном районе и не получила массового распространения.

Спорных версий немного. Иногда Чистило пытаются связать с именем Чист (сокращение от Чистослав или Чистомир), но это маловероятно: суффикс -ило в древнерусских именах нехарактерен. Правдоподобнее всего — прозвище по действию или орудию, без всякой церковной или книжной основы.