Фамилия Чистолинов — редкий пример, где основа прозвища строится на двух корнях, стянутых в одно слово. В отличие от более привычных Чистяковых или Чистовых, здесь явно слышится составная конструкция: «чисто» и «лин» (или «линь»). Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), получим прозвище Чистолин.

Самая правдоподобная версия связывает эту фамилию с рыболовством. «Лин» — это рыба семейства карповых, которая водится в тихих заводях и илистых прудах. В народе линя часто называли «чистым» за его способность выделять обильную слизь, которая очищает кожу рыбы, или за то, что его мясо считалось постным и «чистым» по вкусу. Прозвище Чистолин могли дать либо рыбаку, который славился умением ловить именно эту рыбу, либо торговцу, продававшему отборных, «чистых» линей. В этом случае фамилия относится к «профессиональным» и указывает на занятие предка.

Менее очевидная, но возможная версия — от слова «линь» в значении «веревка, канат» (морской термин). «Чистый линь» — аккуратно свитая, без узлов и зацепок веревка. Такое прозвище мог получить плотник, корабел или такелажник, работавший с особым тщанием. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «линь» в значении «веревка» — узкопрофессиональное и редко становилось основой для прозвищ в крестьянской среде.

Третья версия — топонимическая. В псковских и новгородских говорах «линь» могло означать не только рыбу, но и топкое, илистое место, поросшее ряской. «Чистый линь» — не заросший, открытый участок болота или озера. Прозвище могли дать человеку, жившему у такого места, или переселенцу оттуда.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в центральной или северной части России (в отличие от украинских фамилий на -енко или белорусских на -ич). Географически фамилия Чистолинов встречается крайне редко, единичные случаи зафиксированы в Вологодской и Архангельской областях, что косвенно подтверждает севернорусское происхождение и связь с рыбным промыслом.

Таким образом, предок носителя фамилии Чистолинов, скорее всего, был рыбаком на севере России, специализировавшимся на ловле линя, либо жил у «чистого» озера, где эта рыба водилась в изобилии.