Фамилия Чубатько образована от прозвища Чубатя. Оно ведет свое начало от прилагательного «чубатый» - «имеющий чуб (хохол, вихор, взбитый или отращенный локон)». Согласно другой версии, прозвище Чубатя восходит к украинскому глаголу «чубити» - «колотить», «бить кого-либо, хватая за чуб». В таком случае Чубатей называли вспыльчивого, горячего человека. Так и прозвище Чубатя закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Чубатько. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чубатя, со временем получил фамилию Чубатько.