Фамилия Чубкина — женская форма фамилии Чубкин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Чубка. Основа здесь прозрачна: слово «чуб» в русских говорах означало прядь волос, хохол, иногда — клок шерсти или пучок перьев. Прозвище Чуб, Чубка могли дать человеку с заметной, торчащей прядью волос или с необычной причёской. В южнорусских и украинских диалектах «чуб» — это и оселедец, длинная прядь на бритой голове запорожца, так что прозвище могло нести и этнографический оттенок.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чубкин — «сын Чубки» или «человек из рода Чуба». Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища на -ка (Чубка, Петька, Васька) становились основой для фамилий крестьян и посадских людей. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных крестильных имён, -ин закреплялся за прозвищами и уменьшительными формами.

Стоит обратить внимание на редкую вариацию: в некоторых говорах «чубка» означала не только человека, но и деталь одежды — кисточку на шапке или головном уборе. Если прозвище пошло от этой детали, предок мог быть шапочником или торговцем головными уборами. Однако более вероятна версия с волосами: прозвища по внешности давали часто и без привязки к роду занятий.

Географически фамилия Чубкина встречается в центральных областях России, а также на юге, в бывших казачьих регионах. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» корень «чуб» отмечен как характерный для южнорусской ономастики, но сама фамилия не выделена в отдельную статью — это рядовая патронимическая фамилия, не связанная с дворянством или известными историческими родами.

В написании фамилии нет сложностей: Чубкина пишется через «у» и с одной «б», хотя в устной речи иногда путают с Чупкина (от «чуп» — хохол, диалектный вариант). Эти две фамилии — однокоренные, но Чубкина закрепилась в литературной норме, а Чупкина осталась локальной.