Фамилия Чубутов — редкий случай, когда тюркское происхождение почти не вызывает споров. Основа здесь — тюркское слово «чубут» или «чобут», которое в разных диалектах означало «прут», «хворостина», а в переносном смысле — «худой, длинный человек». Прозвище Чубут давали либо высокому и тощему мужчине, либо, что реже, тому, кто работал с прутьями — например, плёл корзины или изгороди. Суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «Чубутов» — сын или потомок Чубута.

В русских говорах слово «чубут» не прижилось, зато оно хорошо знакомо тюркским языкам Поволжья и Кавказа. В татарском, башкирском, кумыкском языках есть близкие формы — «чубут», «чобут» — с тем же значением. Поэтому географически фамилия Чубутов скорее всего связана с регионами, где русские долго и плотно контактировали с тюрками: Нижнее Поволжье, Оренбуржье, Северный Кавказ. Встречается она и у казаков — в списках донских и оренбургских казаков фамилия фиксируется с XVIII века.

Интересно, что фамилия Чубутов не имеет отношения к более известной фамилии Чубатов (от «чуб» — прядь волос). Разные корни, разная семантика. Чубут — это не про волосы, а про рост и комплекцию. В документах XIX века встречаются варианты написания — Чубутов и Чобутов, что отражает неустойчивость передачи тюркского звука «о» через русскую графику. Но к началу XX века закрепился именно вариант через «у».

В дореволюционных источниках Чубутовы — это в основном крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено, что тоже косвенно подтверждает её прозвищное, бытовое происхождение. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, но компактно встречается в Ростовской, Волгоградской и Оренбургской областях.