Фамилия Чунькова — женская форма фамилии Чуньков, и её происхождение строится вокруг неочевидного корня «чунь». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образуются от крестильных имён или профессий, Чуньков может восходить к прозвищу, которое уже в XVI–XVII веках закрепилось в северных и центральных регионах России. Основа «чунь» не встречается в церковных святцах, поэтому здесь стоит искать не имя, а бытовое слово или диалектизм.

В русских говорах слово «чунь» имело несколько значений. В вятских и пермских диалектах «чуни» — это пеньковые или верёвочные лапти, грубая обувь из пеньки. Прозвище Чунь могли дать человеку, который плёл такую обувь, торговал ею или просто постоянно носил её. Другая версия связывает корень с глаголом «чунять» — дремать, клевать носом. В этом случае Чунь — прозвище сонного, медлительного или задумчивого человека. Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркским «чун» (лучина, свет), но для фамилии Чунькова такая этимология слаба, так как фамилия зафиксирована преимущественно в русскоязычной среде, а не в татарских или башкирских регионах.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Чуня» или «из семьи Чуня». Фамилия Чуньков встречается в документах XVII века, например, в переписных книгах Вятской земли, что подтверждает её севернорусское происхождение. В современных справочниках (например, в работе В. А. Никонова «Словарь русских фамилий») Чуньков не упоминается как широко распространённая, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в Кировской, Пермской или Нижегородской областях.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Чуньков стоит в одном ряду с Чуниным, Чуняевым, Чуняткиным — все они образованы от прозвищ на базе «чунь». Но Чуньков интересен тем, что суффикс -ов здесь не даёт однозначного указания на крестьянское или служилое сословие: в XVII веке такую фамилию могли носить как посадские люди, так и государственные крестьяне. Таким образом, предок современной носительницы фамилии Чунькова, скорее всего, был жителем северной или приуральской деревни, а его прозвище было связано либо с обувным ремеслом, либо с особенностью характера — медлительностью или сонливостью.