Фамилия Чунковская — женская форма, образованная от мужской фамилии Чунковский, и принадлежит к распространённому типу фамилий с суффиксом -ск(ий). Такие фамилии чаще всего указывают на географическое происхождение: они возникали у дворян и шляхты по названию родового поместья или владения. Основа — топоним Чунково или Чунков. Поскольку корень «чунк-» не имеет прямого значения в русском языке, вероятнее всего, это название происходит от прозвища или имени Чунко.

Чунко — уменьшительная или пренебрежительная форма от какого-либо полного имени, например Чуня (от Чунислав, Чунис или диалектного «чуня» — болтун, лентяй). В северных и сибирских говорах «чуня» также означало «поросёнок» или «неуклюжий человек». В этом случае Чунковский — потомок Чунка, владевший землёй Чунково. Вариант: фамилия могла закрепиться за выходцами из реально существовавшего населённого пункта Чунково — такие деревни встречались в бывших Смоленской и Минской губерниях, а также в Полесье.

Модель на -ский указывает на возможное польское или западнорусское происхождение рода. В шляхетской среде такие фамилии нередко осмысливались как «гербовые» и указывали на принадлежность к определённому родовому гнезду. Однако к XIX веку фамилии на -ский стали активно принимать и крестьяне, особенно после отмены крепостного права, когда требовалась «благородная» фамилия для документов.

Встречается написание Чунковская и реже Чунковская (с ударением на втором слоге). Носители фамилии рассеяны по России и Беларуси, наибольшая концентрация — в Брянской и Смоленской областях, что подтверждает западнорусский след. Однокоренные фамилии — Чунков, Чункин, Чуньков — все они восходят к тому же прозвищу Чунко, но отличаются суффиксальной моделью: -ов/-ин указывает на прямое родство (чей?), а -ский — на территориальную привязку.