Фамилия Чункин — одна из тех, где за привычным русским окончанием скрывается неожиданная основа. Вопреки интуиции, она не связана с тюркским словом «чунка» (так в Средней Азии называли русских девушек) — это позднее и локальное заимствование, не повлиявшее на русский ономастикон. Вероятнее всего, в основе фамилии лежит прозвище Чунка, которое восходит к диалектному глаголу «чункать» — «чавкать, хлюпать» или «издавать чмокающие звуки». В некоторых говорах так называли нерасторопного, медлительного человека. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чункин буквально означает «сын Чунки» или «человек из рода Чунки».

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -а/-я плюс притяжательный суффикс -ин. Это самая распространённая схема в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин по частоте уступают только фамилиям на -ов. По той же логике возникли фамилии Чувикин, Чуриков, Чухнин — все они образованы от прозвищ с корнем «чу-», передающим звукоподражательные или характеризующие значения.

Географически фамилия Чункин встречается преимущественно в Поволжье и на Урале. В дореволюционных переписях её носители фиксировались среди государственных крестьян — сословия, которое, в отличие от крепостных, имело право на фамилию раньше и чаще. Это косвенно подтверждает, что фамилия сложилась до отмены крепостного права, примерно в XVII–XVIII веках.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «чунка» означало ещё и «короткая тёплая куртка» (от «чунь» — валяная обувь). Если прозвище дали по одежде, то Чункиным мог быть человек, носивший необычную или старомодную верхнюю одежду. Однако эта версия менее распространена, так как прозвища по одежде обычно образовывали фамилии на -ов (Шапкин, Шубников), а не на -ин.

Спорных гипотез, которые стоило бы разбирать подробно, у фамилии нет. Версия о связи с фамилией Чунка из «Двенадцати стульев» Ильфа и Петрова — литературный курьёз: писатели использовали реальную, но редкую фамилию, не вкладывая в неё дополнительного смысла.