Фамилия Чунка — редкий пример фамилии, которая не встраивается в привычные словообразовательные модели на -ов, -ин или -ский. Она застыла в форме, близкой к исходному прозвищу, и это сразу говорит о её возможном происхождении: скорее всего, перед нами украинская, белорусская или южнорусская фамилия, где суффиксация была необязательна, а прозвище перешло в фамилию без изменений.

Корень «чунк-» многозначен и ведёт в разные стороны. Самое прямое объяснение — связь с глаголом «чункать» или «чункаться», который в южных и западных говорах означал «чавкать», «хлюпать», «медленно, неловко делать что-то». Прозвище Чунка могли дать нерасторопному, неуклюжему человеку или тому, кто говорил невнятно, «чавкал» словами. В этом же ряду — диалектное «чуня» (неряха, рохля), так что Чунка могло быть уменьшительной или пренебрежительной формой от того же корня.

Вторая, не менее вероятная версия — тюркское происхождение. В языках Поволжья и Сибири «чунка» или «чунга» означала «лодка-долблёнка», «челнок». Это слово встречается у чувашей, татар, марийцев. Прозвище мог получить лодочник, рыбак или перевозчик. Учитывая, что фамилия Чунка встречается в Западной Сибири и на Урале, эта версия географически оправдана. Кроме того, в некоторых тюркских наречиях «чунка» — «крюк» или «багор», что снова отсылает к ремёслам, связанным с водой.

Есть и третья, более экзотическая гипотеза: венгерское «csunka» — «коротышка», «обрубок». Венгерские заимствования в украинских и карпатских говорах не редкость, так что фамилия могла возникнуть на западе Украины или в Закарпатье и означать невысокого человека.

Выбрать одну версию сложно, но наиболее правдоподобной выглядит тюркская: фамилия Чунка с высокой вероятностью указывает на предка, который жил у реки и промышлял лодками или рыбной ловлей. Украинское «чункать» как основа — тоже сильный кандидат, но оно даёт скорее отрицательную характеристику, а прозвища такого рода реже становились фамилиями без смягчающего суффикса. В любом случае, фамилия явно невеликорусская по модели: отсутствие суффикса — верный признак того, что её принесли в общерусский обиход из украинской, белорусской или тюркской среды.