Фамилия Чунков — один из тех случаев, когда на первый план выходит не имя, а место. Её основа — топоним, то есть название населённого пункта. В основе лежит название реки Чунка или села Чунки. Такие названия встречаются в бассейне Дона и на юге России. Человек, переселившийся из Чунок или с Чунки, получал прозвище Чунок, а его потомки становились Чунковыми. Суффикс -ов здесь стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Чунка».

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным словом «чунка» — так в некоторых говорах называли чурку, обрубок дерева или небольшую лодку-долблёнку. В этом случае прозвище Чунок мог получить либо коренастый, приземистый человек, либо тот, кто мастерил такие лодки. Однако топонимическое объяснение выглядит убедительнее: фамилия не единична, а входит в гнездо однокоренных — Чунков, Чункин, Чунихин, что типично именно для «географических» фамилий.

Ударение в фамилии плавающее: в центральных областях чаще говорят ЧункОв, на юге — ЧУнков. В дореволюционных переписях фамилия фиксировалась преимущественно в Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниях — как раз в зоне распространения гидронимов с корнем «чун-».