Фамилия Чункунов — редкая и с трудом поддающаяся однозначной расшифровке. Её основа «чункун» не встречается в списках древнерусских имён, прозвищ или названий ремёсел, что сразу указывает на вероятное иноязычное происхождение. Скорее всего, фамилия тюркского или монгольского корня, что подтверждается типичным для русской адаптации суффиксом -ов, который «обрусел» исходное слово.

Самая правдоподобная версия связывает основу с тюркским «чункун» или «чонкун» — в некоторых диалектах это слово означает «яма», «впадина», «углубление», а в переносном смысле — «глубокий», «основательный». Прозвище Чункун могли дать человеку, жившему в низине, у оврага, либо обладавшему низким, «глубоким» голосом. В бурятском и калмыцком языках есть близкое «чунку» — «сильный», «крепкий», что тоже могло стать основой для личного имени-характеристики.

Менее вероятна, но возможна связь с монгольским словом «цунх» — «окно». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, который занимался изготовлением оконных рам или жил в доме с большим окном, выделявшимся на фоне соседских юрт или изб. Однако такая версия слабее, так как «цунх» дал бы в русской передаче форму Цунхов или Цункунов, а не Чункунов.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались русское и тюрко-монгольское население: Забайкалье, Бурятия, юг Сибири, отчасти Поволжье. Встречаемость крайне низкая — носители Чункуновых единичны, и фамилия не попала в массовые реестры дворянства или купечества. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или казаками, получившими фамилию по уличному прозвищу при переписях XIX века.

Словообразовательная модель проста: тюркская основа Чункун + русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Чункуна). Ударение, судя по аналогичным фамилиям, падает на второй слог: Чунку́нов.