Фамилия Чунтук — редкая и с трудом поддающаяся однозначной этимологии, что делает её особенно интересной для историка. В русском языке у неё нет прозрачной основы, и её происхождение почти наверняка лежит за пределами великорусского ареала. Скорее всего, перед нами фамилия, принесённая в Россию тюркскими или, что вероятнее, кавказскими народами.

Самая правдоподобная версия связывает основу «чунтук» с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий слово «чунтук» или «чонтук» означало «коротышка», «куцый», «обрубок». Это могло быть прозвищем невысокого человека или того, кто имел физический недостаток — например, отсутствие пальца или укороченную конечность. В переносном смысле так могли называть человека строптивого, «короткого» на расправу или упрямого. Суффикс в фамилии отсутствует — она представляет собой чистую основу, что характерно для фамилий, заимствованных в уже готовом виде из неславянской среды, без добавления русских окончаний -ов или -ин.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, отсылает к адыгским (черкесским) языкам. В адыгском языке есть слово «чъынтыкъу», которое может переводиться как «сын (потомок) Чъынта» — то есть фамилия могла образоваться от личного имени или родового имени с добавлением компонента «-къу» (сын). В таком случае Чунтук — это не прозвище, а патроним, застывшая форма родового имени, которую принесли с собой выходцы с Северного Кавказа. Это объяснило бы и географию: фамилия Чунтук встречается в Краснодарском крае, в Адыгее, а также среди кавказских народов, переселившихся в Турцию.

В русском контексте фамилия могла закрепиться за отставными солдатами или казаками, которые несли службу на Кавказе и женились на местных женщинах, либо за крещёными горцами, переезжавшими во внутренние губернии. Поскольку фамилия не имеет типичных русских суффиксов, её носители в метрических книгах XIX века могли записываться просто по прозвищу или по имени отца, пока фамилия не устоялась. Сегодня Чунтук — фамилия немногочисленная, но её носители живут не только на Кавказе, но и в центральной России, что говорит о давней миграции и ассимиляции предков.