Фамилия Чуняков образована от прозвища или нецерковного имени Чуняк. Основа здесь — слово «чуня», которое в русских говорах, особенно северных и сибирских, обозначало лапти, плетеную обувь из пеньки, лыка или бересты. В переносном смысле «чуней» могли назвать нерасторопного, простоватого человека — по аналогии с тяжелой, неповоротливой походкой в такой обуви. Суффикс -ак в основе Чуняк типичен для прозвищ, характеризующих человека по внешнему признаку или занятию: гуляка, простак, трудяга. Таким образом, Чуняков — потомок человека, которого в округе звали Чуняком.

Слово «чуня» имеет долгую историю. Его фиксируют в диалектах еще в XIX веке, а корни уходят в финно-угорские языки (ср. коми «чунь» — лапоть). Это указывает на возможное северное или уральское происхождение фамилии. В центральных и южных областях России такую обувь называли иначе (лапти, лыченицы), поэтому Чуняковы чаще встречаются в регионах, где слово «чуня» было в ходу: Архангельская, Вологодская, Кировская области, Пермский край.

Морфологически фамилия выстроена по стандартной русской модели: основа Чуняк + патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — сын Чуняка. В документах XVII-XVIII веков прозвище Чуняк могло записываться без суффикса, а после реформ Петра I закрепилось в форме Чуняков как наследственная фамилия. Интересно, что в некоторых говорах «чуня» означала также «собака» или «щенок» — это редкая, но возможная версия для прозвища, если человек держал псов или походил на них повадками. Однако связь с обувью остается основной и подтверждается большинством диалектных словарей.

В отличие от фамилий на -ский или -ин, Чуняков — типичная «ремесленная» фамилия, прямо указывающая на бытовую деталь. Она не несет дворянского или духовного оттенка: ее носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, чье прозвище закрепилось за родом. Встречаются варианты написания Чуняков и Чуняковъ (до реформы орфографии), но они не меняют значения.