Фамилия Чушняков образована от прозвища Чушняк, и ключ к её происхождению лежит в диалектном слове «чушка». В большинстве русских говоров «чушка» — это свинья, чаще небольшого размера, поросёнок. Прозвище Чушка или Чушняк могли дать человеку неопрятному, нечистоплотному, либо, напротив, с иронией — за упитанность или хрюкающий смех. Однако у слова есть и другое значение: в некоторых регионах «чушкой» называли чугунную болванку, слиток металла. Здесь прозвище могло относиться к человеку тяжёлому, неповоротливому или связанному с литейным делом.

В основе фамилии лежит суффиксальная модель: к корню «чуш-» добавлен сначала суффикс «-няк», образующий имя лица (ср. «дворняк», «сквозняк»), а затем стандартный фамильный суффикс «-ов». Форма Чушняков — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?», то есть «сын Чушняка». Такая модель типична для русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках в крестьянской и посадской среде.

Географически фамилия редкая. Основной ареал — северные и центральные области России, где диалектное слово «чушка» было особенно употребительно. Встречается также на Урале, куда переселенцы принесли прозвища с собой. В документах XVIII–XIX веков Чушняковы фиксируются как крестьяне и мещане, без указания на дворянское происхождение — суффикс «-ов» и прозвищная основа говорят о непривилегированном сословии.

Однокоренные фамилии — Чушков, Чушечкин, Чушаков — встречаются чаще и имеют ту же семантику. Но именно Чушняков стоит особняком из-за редкого форманта «-няк», который придаёт прозвищу оттенок собирательности или пренебрежения. Споров о происхождении немного: версия с «чушкой-свиньёй» считается основной и зафиксирована в словаре русских фамилий, а металлургическое значение — скорее гипотеза для тех регионов, где была развита добыча чугуна.