Фамилия Чупандина — женская форма, мужской вариант — Чупандин. Её основа, скорее всего, связана с тюркским словом «чупан» (çoban), что значит «пастух», «овчар». В русских говорах и документах XVI–XVII веков это слово фиксировалось именно в форме «чупан» или «чепан» — так называли пастуха, а иногда и просто небогатого сельского жителя. Встречается также диалектное «чупан» как название верхней одежды (род кафтана), но для прозвища вероятнее первое значение: предок мог быть пастухом, либо получить такое прозвище по роду занятий.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чупандин буквально означает «сын Чупана» или «человек из рода Чупана». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в центральных и северных областях, фамилии на -ин особенно характерны для Поволжья, Приуралья и северных территорий — именно там активнее шло взаимодействие с тюркскими народами и чаще оседали тюркские прозвища.

Географически фамилия Чупандина довольно редкая. По данным современных справочников, она встречается преимущественно в Пермском крае, Кировской области и Башкортостане — регионах, где исторически было сильно смешанное русско-тюркское население. Это подтверждает гипотезу о происхождении от пастушьего прозвища: в прикамских и уральских деревнях пастушество было распространённым занятием, и прозвище Чупан могло закрепиться за целым родом.

Менее вероятна, но возможна связь с личным именем Чупан — уменьшительной формой от Чупа, Чупай, которые иногда встречались в старых русских писцовых книгах как варианты христианских имён (например, от Феодул или Иулиан). Однако в таком случае фамилия была бы ещё более редкой, а документальных подтверждений бытования имени Чупан в русской среде почти нет. Поэтому основная версия — профессиональное прозвище пастуха.

Таким образом, носительница фамилии Чупандина может с высокой долей вероятности считать своими предками пастухов из Прикамья или Приуралья, а сама фамилия — живой след тюркско-русского языкового контакта, который длился столетиями на этих землях.