Фамилия Чупатинов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает любые другие версии происхождения. Основа здесь — топоним Чупатино. Такое название носят несколько деревень, и самая известная из них находится в Костромской области, в бывшем Кологривском уезде. Выходец из Чупатина получал прозвище Чупатин, а его потомки записывались уже как Чупатиновы. Суффикс -ов в конце — стандартный русский патронимический показатель «чей?», «из семьи кого?», так что фамилия строится по модели «прозвище по месту жительства + фамильный суффикс».

Если копать глубже, сам топоним Чупатино, скорее всего, восходит к неканоническому имени или прозвищу Чупат. В русских говорах слово «чупатый», «чупатенький» означало «чумазый», «грязный», «замарашка». В словаре Даля зафиксирован и глагол «чупаться» — пачкаться, мараться. Прозвище Чупат могли дать неопрятному человеку или ребёнку, который вечно в саже или грязи. От этого прозвища через форму Чупатин (сын Чупата) и пошла фамилия, но для носителей Чупатиновых более вероятна именно «усадебная» версия: крестьяне, переселившиеся в другое место, часто брали фамилию по названию покинутой деревни.

Интересна и словообразовательная особенность. В фамилии Чупатинов два суффикса подряд: -ин- (принадлежность) и -ов- (патронимический). Это не ошибка, а типичная для северных и костромских говоров модель, когда прозвище на -а, -я (Чупатя, Чупата) сначала превращалось в фамилию на -ин (Чупатин), а затем, при переписи или смене места жительства, к ней добавляли ещё один суффикс -ов, чтобы «подогнать» под общерусский стандарт. Такие двойные суффиксы (типа Минаев-Минин, Кузин-Кузов) встречаются нечасто, и Чупатинов — один из них.

О дворянском происхождении фамилии ничего не известно. В родословных книгах и списках служилых людей она не значится. Скорее всего, носители фамилии — потомки государственных или помещичьих крестьян Костромской губернии. Учитывая, что Чупатино — деревня небогатая, а фамилия редкая, можно предположить, что большинство Чупатиновых и сегодня имеют корни именно в тех краях, хотя со временем разъехались по стране.

Версия с тюркским корнем (например, от «чупа» — «тряпка» или «чупан» — «пастух») маловероятна: фамилия не имеет характерных для тюркских языков суффиксов, а география бытования (северо-восток Европейской России) не совпадает с зоной активных тюркских заимствований. Так что, если вы Чупатинов, ваши предки, скорее всего, жили в костромских лесах, в деревне с таким же названием, и фамилия их — чистая «география», лишь случайно созвучная с чумазым прозвищем.