Фамилия Чупатов имеет тюркское происхождение. Скорее всего, она восходит к мусульманскому мужскому имени Чупан, которое в переводе с арабского означает «пастух, чабан». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Чупатовых можно лишь на основании генеалогических исследований.