Фамилия Чупенко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной при помощи украинского суффикса -енко. Эта модель была особенно распространена в Левобережной Украине, на Слобожанщине и юге России: суффикс -енко изначально означал «маленький» или «сын такого-то», то есть Чупенко — буквально «сын Чупа» или «маленький Чуп».

Основа фамилии — прозвище Чуп. В украинских и южнорусских говорах слово «чуп» или «чуба» имело несколько значений. Самое распространенное — «чуб», «прядь волос», «хохол». Прозвище Чуп могли дать человеку с заметной, торчащей шевелюрой, с длинным чубом или просто тому, кто носил характерную прическу (например, оселедец). Реже «чупом» называли хохлатого петуха — это тоже возможный источник прозвища, указывающий на внешность или повадки.

Вторая, менее очевидная версия отсылает к диалектному глаголу «чупать» — «щупать», «трогать», «хватать». В этом случае прозвище Чуп мог получить человек суетливый, хватающийся за все подряд, или, наоборот, тот, кто работал руками (например, знахарь, костоправ). Однако первая версия — от чуба — выглядит более естественной и типичной для прозвищной традиции.

Фамилия не относится к дворянским или книжным — она крестьянская и казачья. Наиболее плотно Чупенко встречаются в исторических областях Полтавщины и Черниговщины, а также в Краснодарском крае, куда фамилия попала с переселением запорожских казаков. В документах XVIII века фигурируют казаки Чупенки из Переяславского полка — фамилия уже тогда была устоявшейся.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Чупов, Чупа, Чуприна, Чубенко — показывает, что Чупенко стоит в одном ряду с прозвищными фамилиями на -енко, которые в XIX веке массово закрепились как наследственные. Интересно, что в некоторых говорах слово «чуп» имело ироничный оттенок — так могли обозвать неопрятного, лохматого человека, но в основе фамилии, скорее всего, лежит нейтральное прозвище по характерной примете внешности.