Фамилия Чупчук — редкий случай, когда прозвищная основа настолько плотно срослась с украинским суффиксальным оформлением, что почти не оставляет сомнений в географии происхождения. В отличие от большинства фамилий на -ук/-чук, которые в XIX веке массово закрепились за крестьянами Западной Украины (Волынь, Подолье, Галичина), Чупчук образована не от церковного имени, а от прозвища, причем довольно экспрессивного.

В основе лежит корень «чуп-», который в украинских и южнорусских говорах связан с диалектным словом «чуп» или «чуба» — чуб, хохол, прядь волос, торчащая на макушке. Прозвище Чуп или Чупа могли дать человеку с заметным, небрежным или кудрявым чубом, либо тому, кто его носил как особую примету. В польском языке есть слово «czupryna» — шевелюра, что только укрепляет эту версию, учитывая долгое соседство украинских земель с польским культурным влиянием. Суффикс -чук здесь работает как уменьшительно-патронимический: Чупчук буквально означает «маленький Чуп» или «сын Чупа». В украинской ономастике такая модель типична — она превращает прозвище отца в фамилию сына, и это одна из самых распространенных схем образования фамилий на Правобережной Украине.

Вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в любительских словарях, связывает фамилию с тюркским корнем «чуп» — сор, мусор, в переносном смысле «незначительный человек». Однако для украинской среды такое заимствование нехарактерно, и объяснение через чуб выглядит убедительнее хотя бы потому, что в соседних фамилиях (Чуприна, Чубатый, Чубук) тот же корень встречается постоянно.

Фамилия Чупчук не имеет дворянских или старомосковских корней — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, зафиксированная в основном в западных и центральных областях Украины. В современных российских справочниках она почти не встречается, что подтверждает ее узкую региональную привязку. Носители фамилии, если судить по данным переписей, в основном сосредоточены в Волынской, Ровенской и Хмельницкой областях, реже — в Беларуси. Любопытно, что в польских записях XVIII века встречается форма «Czupczuk» — именно так, с мягким «ч», что указывает на польскую графическую передачу украинского звучания.