Фамилия Чупкова — женская форма фамилии Чупков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Чупко. В основе лежит древнерусское нецерковное имя Чупко, которое образовано от слова «чуп» или «чуба». В диалектах «чуп» означало «чуб», «хохол», «вихор» — торчащая прядь волос. Прозвище Чупко могли дать человеку с заметным, торчащим чубом или с непослушными волосами. Такие прозвища по внешним признакам были очень распространены в Древней Руси: они метко и без обид описывали человека.

Суффикс -к- в основе Чупко — это уменьшительная или обиходная форма, типичная для личных имён и прозвищ (сравните: Иван — Ивашко, Пётр — Петрушко). От этой основы с помощью стандартного патронимического суффикса -ов образовалась фамилия Чупков, то есть «сын Чупка». По модели образования это типичная русская фамилия, которая закрепилась в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей начали массово записывать по отчеству.

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища, связанного с глаголом «чупать» (в некоторых говорах — «брать», «хватать», «щупать»). Тогда Чупко — человек, который «чупает», то есть хватает, трогает, возможно, суетливый или приставучий. Но эта гипотеза слабее, так как связь с внешностью («чуб») гораздо чаще встречается в русских прозвищах и подтверждается аналогичными фамилиями (Чубаров, Чубин, Хохлов).

Географически фамилия Чупков (и Чупкова) встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Архангельской губерниях, а также на Урале. Это область бытования северорусского говора, где слово «чуп» в значении «чуб» было особенно употребительно. В этих краях фамилия фиксируется в переписных книгах XVII–XVIII веков, что указывает на её крестьянское происхождение: предки Чупковых были, скорее всего, свободными или дворцовыми крестьянами.

Таким образом, фамилия Чупкова — типичный случай, когда прозвище по внешней примете превратилось в родовое имя. За ней стоит живой портрет: человек с заметным чубом, которого в деревне прозвали Чупко, а его дети и внуки стали Чупковыми.