Фамилия Даникер — редкий для России случай, когда фамилия не переделана под русские суффиксы, а сохранила иноземное звучание. Сразу бросается в глаза, что перед нами не «Даников» и не «Даникин», а именно Даникер — окончание -ер указывает на западное происхождение, скорее всего немецкое или еврейское (ашкеназское).

В основе фамилии лежит личное имя Даник — уменьшительная форма библейского имени Даниил (в переводе с иврита «Бог — мой судья»). В немецкой и еврейской среде суффикс -ер часто присоединяли к именам, обозначая «тот, кто имеет отношение к» или просто «сын такого-то». Таким образом, Даникер — это «потомок Даника», то есть Даниила. Сравните с более известными немецкими фамилиями того же типа: Мюллер (мельник), Шмидт (кузнец) — но здесь не профессия, а отчество.

Географически фамилия могла закрепиться в среде немецких колонистов, приглашённых в Россию при Екатерине II, или среди еврейского населения черты оседлости. В обоих случаях носители фамилии — выходцы из немецкоязычных земель или Восточной Европы. В современной России фамилия встречается редко, чаще — на юге страны и в крупных городах, куда в XIX–XX веках переселялись колонисты.

Примечательно, что фамилия избежала обрусевшего варианта «Даников», хотя это было типично для переселенцев. Возможно, носители долго сохраняли обособленность или фамилия закрепилась в письменных документах уже в исходной форме. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки современного Даникера — люди, которых в быту называли уменьшительным именем Даник, и это прозвище перешло к детям уже в виде фамилии на немецкий лад.