Фамилия Деникаев ведет начало от татарского имени Деникай. В его основе лежит арабское слово «дани», что означает «прославленный», «известный», «высокий». Уменьшительный суффикс –кай, характерный для тюркских языков, придавал имени ласковый оттенок. Родители, называя сына Деникаем, желали ему в будущем стать знаменитым и уважаемым человеком.

Это редкая модель образования: в русских фамилиях чаще встречаются суффиксы -ов/-ев или -ин, но здесь мы видим прямой перенос тюркского имени с сохранением его формы. Фамилия Деникаев — отчество второго порядка: «сын Деникая». Такие фамилии типичны для татарских и башкирских родов, а также для народов Кавказа, где имя Деникай (или близкое к нему Дени) могло бытовать в разных вариантах.

Слово «дани» в арабском языке имеет и другие оттенки — «близкий», «приближенный», поэтому имя могли давать не только с надеждой на славу, но и как пожелание близости к Богу или высокому покровителю. В любом случае, основа фамилии указывает на восточные корни, и носители Деникаевых, скорее всего, происходят из среды тюркоязычных или исламизированных народов, где такие имена были в ходу.

В русских документах фамилия встречается редко — в основном в Поволжье, на Урале и в северокавказских республиках. Сравнение с однокоренными фамилиями (Денисов, Деникеев, Дениканов) показывает, что Деникаев стоит особняком: в ней сохранился именно тот самый уменьшительный суффикс, который редко переходит в фамилии без изменений. Это делает ее ценной для ономастики — она как бы законсервировала живую форму личного имени XVII–XVIII веков.