Фамилия Десненкова — женская форма от Десненков, и её происхождение напрямую связано с названием реки Десна. В русской ономастике это одна из относительно редких «речных» фамилий, образованных не от гидронима напрямую, а через прозвище или именование человека по месту жительства.

Разберём словообразовательную цепочку. Основа «Десн-» восходит к реке Десна (приток Днепра, а также есть одноимённые реки в бассейне Оки). Суффикс «-енк-» в фамилиях на «-енков» характерен для украинской и южнорусской традиции, где он указывает на происхождение из рода или местности: Десненков буквально означает «потомок человека с Десны» или «тот, кто пришёл с Десны». Финальный суффикс «-ов» — стандартный русский патронимический показатель, закрепивший фамилию в документах.

Вероятнее всего, первый носитель фамилии (Десненко или Десненок) получил прозвище по реке, на берегах которой жил. Это мог быть крестьянин, рыбак, бурлак или мелкий торговец, чей быт был связан с Десной. В отличие от фамилий, образованных от имени (Иванов) или профессии (Кузнецов), Десненков — топонимическая фамилия, и она сразу привязывает род к конкретному региону: бассейну Десны на территории современной Брянской, Смоленской, Калужской областей России или Черниговской области Украины.

Встречается и менее вероятная версия — от нецерковного имени Десна (от слова «десный» — правый, то есть «правша»). Но эта гипотеза слабая: прозвище Правша было распространено, но форма «Десна» для него нехарактерна, а связь с рекой очевиднее и подтверждается географией фамилии.

В архивных записях фамилия фиксируется с XIX века в юго-западных губерниях Российской империи. Десненковы — это в основном крестьянский и мещанский род, без связи с дворянством. Фамилия редкая, не вошла в массовые списки, и её носители до сих пор чаще встречаются в Брянской и Смоленской областях, а также в Украине.