Фамилия Десненко — яркий пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын», «потомок» или «маленький», в XVI–XVII веках стал главным маркером украинской фамильной системы, вытеснив более ранние формы. Поэтому Десненко — это «сын Десны» или «потомок человека по прозвищу Десна».

Спор о корне: что такое «Десна»? Здесь возможны два основных толкования, и первое — самое логичное. «Десна» в древнерусском и украинском языках — «правая рука», а в переносном смысле — «правый», «верный», «справедливый». Человек с таким прозвищем мог быть правшой, либо его считали надежным и прямым. Второй вариант — гидронимический: от реки Десны, крупного притока Днепра. Прозвище Десна могли дать переселенцу с берегов этой реки или человеку, жившему у реки с таким названием. Однако для фамилий на -енко более характерна связь с личным прозвищем, а не с названием места — топонимические фамилии чаще оформлялись суффиксами -ский/-цкий.

Ударение в фамилии Десненко, как и у большинства фамилий этой модели, падает на второй слог: Десне́нко. В официальных документах XIX века фамилия могла записываться через «и» — Десненко, но вариант с «е» в корне исторически первичен, так как слово «десна» имеет именно такое написание.

Фамилия не является распространенной и не входит в сотни самых частых украинских фамилий. Её география тяготеет к левобережной Украине — Черниговщине, Полтавщине, Сумщине, то есть к землям, где протекает река Десна и где исторически преобладала казацкая старшина и крестьянство, получавшие фамилии на -енко. В России фамилия встречается редко, чаще всего у потомков украинских переселенцев.

Сословный состав носителей Десненко был преимущественно крестьянским и казачьим. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано, что типично для фамилий на -енко, которые долго оставались «простонародными» и лишь в конце XIX века стали массово фиксироваться в метрических книгах. Таким образом, предки современных Десненко — скорее всего, люди из сельской местности, получившие фамилию по личному качеству или, реже, по месту жительства.