Фамилия Додаджонов звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: её корни ведут в Центральную Азию, в таджикскую и узбекскую языковую среду. В основе лежит имя Додаджон, которое на таджикском языке означает «дарованный душой» или «рождённый от дарованного» (от слов «дод» — дал, дал Бог, и «джон» — душа, жизнь). Такие имена с компонентом «джон» (жизнь, душа) и «дод» (дар, даяние) широко распространены в иранской и тюркской антропонимии и часто давались ребёнку как пожелание долгой и счастливой жизни.

Модель образования фамилии — классическая для русификации восточных имён: к основе Додаджон прибавляется русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность роду. В данном случае суффикс срастается с конечным -н, давая форму Додаджонов — «сын Додаджона». Такая адаптация характерна для фамилий, которые фиксировались в документах Российской империи и советских паспортах у народов Средней Азии, где исконные отчества или родовые имена записывались по русскому образцу.

Интересно, что фамилия сохранила ударение на предпоследний слог, как в исходном имени, а не сместила его на окончание, как у многих русских фамилий на -ов. Это выдаёт её позднее оформление в письменных источниках. Носители фамилии Додаджоновы, скорее всего, происходят из регионов Таджикистана или Узбекистана, где имя Додаджон было популярно в XIX–XX веках. Среди возможных предков — люди, не связанные с аристократией: ремесленники, крестьяне, торговцы, получившие фамилию по отцу при советской паспортизации 1920–1930-х годов.

Фамилия довольно редкая даже на родине, а за пределами Центральной Азии встречается в основном в среде мигрантов. Её написание без буквы «а» в середине (Додаджонов, а не Додаджанов) указывает на конкретный диалектный вариант произношения, где «а» в суффиксе имени переходит в «о» — черта некоторых таджикских говоров.