Фамилия Догдонова — женская форма фамилии Догдонов, и её разбор стоит начать с конца: суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования отчества или прозвища. В основе лежит личное имя или прозвище Догдон. Это редкая фамилия, и её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими или монгольскими корнями, что неудивительно для восточных регионов России — Бурятии, Калмыкии, Тувы или Забайкалья.

Само слово «догдон» в тюркских и монгольских языках имеет несколько значений. В бурятском языке «догдон» означает «взъерошенный», «лохматый» или «неряшливый» — такое прозвище могли дать человеку за неопрятный внешний вид или, наоборот, за пышную, торчащую шевелюру. В монгольском языке есть схожее слово «догдон» со значением «суматоха», «шум», что могло характеризовать беспокойного или суетливого человека. Есть и версия, что основа восходит к имени Догдо — уменьшительной форме от более полного имени, например, Догдор (бурятское имя, связанное с тибетским буддизмом).

Словообразовательная модель проста: к основе Догдон прибавили патронимический суффикс -ов, что в русской традиции означало «сын Догдона» или «принадлежащий Догдону». При этом сама основа не славянская, а заимствованная, что говорит о смешанном этническом происхождении носителей фамилии. Скорее всего, предки Догдоновых были бурятами, калмыками или другими народами, жившими в контакте с русскими, и фамилию они получили при крещении или при переходе на русскую систему именования в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия Догдонова сегодня встречается в основном в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае. Встречаются единичные носители в других регионах России, но это результат миграции. Социальный контекст: фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, вероятно, были крестьянами, казаками или мелкими служащими, а само прозвище, лёгшее в основу, могло быть бытовым, а не почётным.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Догдонов, Догдон, Догдоров — показывает, что все они редки и привязаны к одному ареалу. Если Догдоров явно образована от имени Догдор, то Догдонова стоит ближе к прозвищной основе. Споров о корне немного: тюрко-монгольская версия — единственная правдоподобная, славянской этимологии у слова нет.