Фамилия Догонов образована от прозвища или нецерковного имени Догон. Её основа восходит к тюркским языкам, где слово «догон» означает «сокол». В древнерусской традиции такие имена-прозвища, взятые из мира птиц и зверей, давали ребёнку не случайно: родители верили, что имя передаст носителю качества животного. Сокол — птица гордая, зоркая и стремительная, поэтому Догоном могли назвать мальчика, от которого ждали смелости, силы и благородства.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского Севера и Поволжья: суффикс -ов присоединился к основе Догон, образовав типичное притяжательное прилагательное со значением «сын Догона» или «из рода Догоновых». Такая модель была особенно распространена среди крестьян и посадских людей в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись.

Интересно, что в русских говорах слово «догон» имело и другое, бытовое значение — «добавка, дополнительная доля» (от глагола «догнать»). Не исключено, что в отдельных случаях прозвище Догон могло относиться к человеку, который всегда навёрстывал упущенное, был настойчивым или получал что-то сверх положенного. Однако тюркская версия выглядит более убедительной: фамилия распространена в регионах, где исторически были сильны тюркские влияния — в Нижегородской, Казанской, Симбирской губерниях.

Фамилия Догонов встречается реже, чем её однокоренные варианты Доганов или Догонин, что говорит о локальном бытовании. В архивных записях XVII века упоминаются крестьяне и стрельцы с этой фамилией в Казанском уезде — это подтверждает её восточно-русское происхождение. Со временем написание закрепилось через «о» в первом слоге, хотя в диалектном произношении могло звучать и как «Дагонов».