Фамилия Догон — один из тех редких случаев, когда основа читается как глагол в повелительном наклонении, но на самом деле перед нами, скорее всего, прозвище, застывшее в именительном падеже. В русских фамилиях встречаются «командные» формы (Молчи, Гуляй, Держи), но здесь ситуация сложнее. Глагол «догнать» в форме «догон» — это не повелительное наклонение (там было бы «догони»), а форма первого лица единственного числа настоящего времени: «я догон(ю)». Однако в качестве прозвища слово «Догон» могло означать человека, который вечно всех нагоняет, опаздывает или, наоборот, настойчиво преследует цель.

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища Догон, которое давали либо торопливому, непоседливому человеку, либо тому, кто работал в паре с кем-то — «догонял» в работе. В говорах слово «догон» зафиксировано также в значении «добавка», «довесок» или «дополнительная плата». В этом случае прозвище мог получить человек, который постоянно требовал прибавки или, напротив, сам что-то добавлял к общему делу.

Модель образования проста: фамилия бессуффиксная, то есть основой стало само прозвище без типичных русских суффиксов -ов или -ин. Такие фамилии встречаются реже, чем патронимы на -ов, и характерны скорее для северных и сибирских регионов, а также для украинской традиции. В русской ономастике эту группу изучал Б. Унбегаун, отмечая, что подобные фамилии часто возникали из «имен-предложений» или прозвищ, которые не склонялись по падежам.

Географически фамилия Догон встречается в единичных случаях, преимущественно в центральной России и на Урале. Известных носителей в истории не зафиксировано, что говорит о её локальном и, вероятно, позднем происхождении — возможно, из крестьянской среды XIX века, когда фамилии ещё не устоялись и записывались со слов.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Догонов, Догоняев, Нагонов, — то Догон стоит особняком: в ней нет суффикса принадлежности, что делает её более древней по форме, но не обязательно по времени записи. Это могла быть «уличная» фамилия, которую давали в деревне для отличия от однофамильцев, и она так и закрепилась в документах без изменений.