Фамилия Долгоненко — характерный пример украинской модели фамилий на -енко. В XVII–XVIII веках суффикс -енко в Поднепровье и Слобожанщине был главным способом образовать «маленького» или «сына»: Долгоненко буквально значило «сын (или потомок) Долгого». Основа здесь — прозвище Долгий. На первый взгляд кажется, что прозвище дали высокому человеку, но в старину «долгий» означало не только рост. В говорах так могли назвать медлительного, задумчивого человека, того, кто долго говорит или медленно работает. Встречается и другое значение — «долгий» как «долговязый», то есть худой и высокий, что тоже вероятно.

Словообразовательная модель проста: прилагательное «долгий» → прозвище Долгий → фамилия Долгоненко. Такая цепочка типична для украинской ономастики, где прозвища на -ий легко переходили в фамилии на -енко. Интересно, что в русских фамилиях тот же корень дал бы форму Долгов, а в польских — Длугош. Долгоненко — южный, украинский вариант, и географически фамилия до сих пор чаще встречается в Полтавской, Черкасской и Сумской областях, а также на Кубани, куда переселялись черкасы.

Стоит упомянуть спорный момент: некоторые любители народной этимологии выводят фамилию от «долг» (денежный), но это ошибка. Слово «долг» и «долгий» исторически родственны (оба от индоевропейского корня со значением «длинный»), но в прозвищах Долгий и Долгоненко всегда имелся в виду признак, а не обязательство. Никаких документальных подтверждений «долговой» версии нет.

Сословного барьера у фамилии не было: Долгоненко встречались и среди казацкой старшины, и среди крестьян. В реестрах Запорожского войска XVIII века попадаются казаки с таким прозвищем, но массово фамилия закрепилась уже после отмены крепостного права, когда бывшие крепостные получали фамилии по прозвищам отцов. Так что предки носителя фамилии Долгоненко — скорее всего, либо запорожские казаки, либо крестьяне центральной Украины, которых кто-то окрестил Долгим за рост или неторопливость.