Фамилия Довгоненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Этот суффикс, самый распространённый в украинской ономастике, изначально означал «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. Таким образом, Довгоненко — это «сын Довгоня» или «потомок человека по прозвищу Довгонь».

Основа фамилии — украинское прилагательное «довгий» (длинный). Прозвище Довгонь (или Довгун, Довгаль) давали человеку высокого роста, с длинными руками или ногами. В украинских говорах «довгун» могло также означать медлительного, «тягучего» человека, но основное значение всё же связано с физической характеристикой. Сравните с русскими фамилиями Долгов, Долгих, Долганов — все они идут от того же корня, но с разными суффиксами, характерными для разных регионов.

Фамилия Довгоненко почти не встречается в центральной и восточной России, зато плотно бытует на Украине, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской областях. Это зона, где модель на -енко исторически доминировала над великорусскими -ов и -ин. В XIX веке носители фамилии были преимущественно крестьянами и казаками, так как фамилии на -енко в малороссийских губерниях часто фиксировались у непривилегированных сословий.

Интересно, что в отличие от фамилий на -енко, образованных от крестильных имён (Иваненко, Петренко), Довгоненко происходит именно от прозвища. Это говорит о том, что родоначальник фамилии был заметен внешне, и эта черта закрепилась за его потомками как родовое имя. Встречаются также варианты написания — Довганенко (от «довгань») и Довгуненко, что лишь подтверждает диалектное разнообразие одного и того же корня.