Фамилия Долгунова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища. Её основа — слово «долгун». Это не имя, а именно прозвище, которое могло закрепиться за человеком по нескольким причинам, и здесь есть простор для разбора.

Самая прямая версия: прозвище Долгун давали высокому, долговязому человеку. В русских говорах «долгун» — это «долговязый», «высокий и худой». Такая мотивировка встречается часто: рост — самая заметная внешняя черта, и прозвища вроде Долгун, Долгай, Долган были естественны в крестьянской среде. Подтверждение находим в словаре В. Даля, где «долгун» прямо указан как «долговязый человек».

Есть и вторая, более редкая, но тоже возможная версия: связь со словом «долгий» в значении «длинный» применительно к чему-то другому — например, к длинной бороде (долгун бородач) или к долгой речи (говорун, который «тянет»). Однако для прозвища первична внешность, а не характер.

Менее вероятна, но всё же обсуждаема версия о происхождении от названия растения. В некоторых диалектах «долгунец» — это лён-долгунец, высокий сорт льна. Но прозвище «Долгун» от названия растения давали бы скорее льноводу или человеку, похожему на стебель, что опять же отсылает к высокому росту.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Долгун + патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Долгуна». Женская форма Долгунова — это вариант жены или дочери носителя фамилии Долгунов.

Географически фамилия Долгунов (и Долгунова) встречается преимущественно в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает севернорусское происхождение, где прозвища на -ун были особенно распространены (говорун, молчун, бегун). В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, суффикс -ов здесь закономерен: основа «долгун» твёрдая, мужского рода.

Сословно фамилия Долгунова почти наверняка крестьянская. В среде дворянства и духовенства такие «прозвищные» фамилии без книжного или географического корня встречаются редко. Первые письменные упоминания Долгуновых можно искать в писцовых книгах XVII века, но конкретные записи не сохранились в массовом доступе.

Таким образом, предок современных Долгуновых — скорее всего, высокий крестьянин из северной или центральной России, которого в деревне прозвали Долгуном за его рост. Фамилия не содержит сложной тайны, но хранит бытовую деталь из жизни нескольких поколений.