Фамилия Долгун образована от прозвища Долгий. Скорее всего, оно восходит к слову «долгий» в значении «большой, длинный». Следовательно, прозвище Долгий может указывать на внешние особенности основателя рода. Веселовского отмечается, что Долгий, Долгово — очень распространенное прозвище в XV-XVI веках. Так, здесь записаны князь Афанасий Иванович Долгий Вяземский, известный опричник, казненный в 1570 году; Борис Иванович Долгово, 1495 год, Лух, получил поместье в Новгороде. Так и прозвище Долгий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Долгун. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Долгий, со временем получил фамилию Долгун.