Фамилия Долгунков — наглядный пример того, как в русской ономастике прозвище, данное по внешнему признаку, превратилось в устойчивую фамилию. В её основе лежит прилагательное «долгункий» или «долгунец» — старинное диалектное обозначение высокого, долговязого человека. В говорах слово «долгун» (или «долгунец») означало именно долговязого, нескладного ростом человека, в отличие от прилагательного «долгий», которое могло относиться к чему угодно, а не только к росту. Таким образом, первый носитель прозвища Долгунок — это человек заметно высокого роста.

Модель образования фамилии — суффиксальная цепочка «-ок» + «-ов». Суффикс -ок в основе Долгунок указывает на уменьшительно-ласкательную или, скорее, прозвищную форму: Долгунок — это «маленький долгун», то есть человек, которого в детстве или юности дразнили за высокий рост. Затем к этой основе добавили типичный русский фамильный суффикс -ов, который указывал на принадлежность: сын Долгунка. Такая модель типична для крестьянских и мещанских фамилий центральной России, где прозвища на -ок, -ец были очень распространены.

Стоит отметить, что в отличие от фамилий, образованных от названий растений (например, от «долгунец» — сорт льна), Долгунков явно произошёл от прозвища человека. Лён-долгунец — это сельскохозяйственный термин, но он не оставил в русском языке фамилий с суффиксом -ок (Долгунец, Долгунцов — возможны, но Долгунков — нет). Поэтому версия о «льном» здесь искусственная и не выдерживает критики. Географически фамилия привязана к северным и центральным областям России, где слово «долгой» в значении «высокий» было в ходу: Вологодчина, Архангельщина, костромские земли. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное, прозвищное происхождение.

Таким образом, ваш предок по мужской линии, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком из северных или центральных губерний, которого в округе знали как Долгунка — за высокий рост. Фамилия не несёт в себе ни дворянского, ни духовного происхождения, это чисто бытовое, «уличное» прозвание, закреплённое в документах.