Фамилия Долгуничева — женская форма, мужская — Долгуничев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Долгунец, а точнее — его производная форма Долгунич. Словообразовательная модель здесь не самая частая: суффикс -ич- указывает на отчество или прозвище по отцу (как в фамилиях Кузьмич, Иванич), а затем к основе добавили типичный русский фамильный суффикс -ев. То есть Долгуничев буквально означает «сын Долгунича», а Долгунич — «сын Долгунца».

Корень «долг-» в русских прозвищах многозначен. Чаще всего он указывает на высокий рост: «долгий» в старом языке значило «длинный». Долгунцом, а затем Долгуничем, могли прозвать очень высокого и худощавого человека. Второе возможное значение — от слова «долг» в смысле задолженности: так могли назвать того, кто часто брал взаймы или, наоборот, сам давал в долг. Но для фамилии Долгуничева первая версия выглядит убедительнее: рост — самая наглядная и устойчивая примета, которая легко закреплялась в прозвищах.

Фамилия редкая, географически тяготеет к южнорусским и донским областям. Встречается в документах по Воронежской, Ростовской областям, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «долгий» в значении «длинный» было особенно употребительно. В северных и сибирских регионах фамилия почти не фиксируется.

Однокоренные фамилии — Долгунов, Долгушин, Долганов, Долгих — построены по другим моделям, но все они восходят к тому же корню и чаще всего описывают внешность предка. Долгуничева стоит в этом ряду особняком из‑за редкого суффикса -ич-: он скорее характерен для белорусской и украинской традиции, чем для великорусской. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем с запада русских земель или из казачьей среды, где такие формы встречались чаще.