Фамилия Долгунов образована от прозвища Долгун, которое, скорее всего, связано с нарицательным «долгунец» - «лен с длинным волокном». Вероятно, прозвищем Долгун прозвали человека, занимающегося выращиванием льна, либо пошивом одежды из льняных нитей. Менее вероятно, что Долгуном нарекли высокого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Долгун, со временем получил фамилию Долгунов.