Фамилия Долгуновы происходит от прозвища Долгун. Вопреки интуитивному предположению, что Долгун — это «долгий», то есть высокий человек, лингвисты чаще связывают эту основу с конкретным ремеслом. Дело в слове «долгунец» — так на Руси называли лён с длинным волокном, самый ценный сорт для пряжи. Скорее всего, прозвище Долгун получил крестьянин, который либо выращивал такой лён, либо, что вероятнее, занимался его переработкой и пошивом одежды из льняных нитей. Версия о высоком росте менее правдоподобна, потому что для обозначения роста в народе чаще использовали прозвища вроде Долгий, Долговязый или просто Длинный, а суффикс -ун указывает на носителя действия или характерного признака (как Бегун, Ворчун).

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе прозвища Долгун добавили патронимический суффикс -ов, который означал «сын Долгуна» или «из семьи Долгуна». Со временем притяжательное прилагательное закрепилось как наследственная фамилия.

Точное место возникновения фамилии Долгуновы назвать сложно: процесс становления фамилий у крестьян и посадских людей растянулся на несколько столетий. Однако в писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить людей с прозвищем Долгун в северных и центральных губерниях России, где традиционно сеяли лён. Это косвенно подтверждает «льняную» версию происхождения.

В отличие от фамилий Долгов или Долгих, которые тоже связаны с длиной, Долгуновы стоят особняком. Их фамилия — не про рост, а про хозяйственный уклад. Она — памятник славянской письменности и культуры, который хранит память о льноводах и ткачах, кормивших и одевавших всю Россию.