Фамилия Доминикер — один из тех редких случаев, когда русская фамилия образована не от русского имени, а от западноевропейского. В основе лежит мужское имя Доминик (от латинского dominicus — «господский», «принадлежащий Господу»). Само имя пришло в Восточную Европу через немецкое посредничество, где Dominik — распространённое католическое имя.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -ер. В русской ономастике это нетипичное окончание для фамилий, образованных от имени. Обычно от имени Доминик в России появились бы фамилии Домиников или Доминикин. Суффикс -ер указывает на иной механизм: скорее всего, фамилия сложилась в среде еврейского населения черты оседлости (территории современной Украины, Беларуси, Молдовы, Польши). Там фамилии на -ер часто обозначали профессию или происхождение (например, Шляпникер, Канторович). Доминикер в таком контексте — это «сын Доминика» или «человек, связанный с Домиником» (например, арендатор у помещика Доминика).

Вторая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть у немцев-колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. В немецком языке суффикс -er образует названия жителей по месту: например, человек из города Доминик (гипотетическое название). Но такой топоним на картах не зафиксирован, поэтому эта версия слабее.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По открытым данным, носители Доминикер рассеяны по бывшим республикам СССР — от Одессы до Урала, но нигде не образуют плотных гнёзд. Это типично для фамилий, возникших в местечках и не закрепившихся в крестьянской среде: они остались у городских сословий — ремесленников, торговцев, служащих.

Самое правдоподобное объяснение: предок носителя фамилии был либо сыном человека по имени Доминик, либо его работником. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «дом» или «домик» — это случайное созвучие.