Фамилия Дондаева — яркий пример того, как одна буква в корне меняет всю картину происхождения. В ней отчетливо слышится основа «донд-», которая в русском языке не имеет прозрачного, «словарного» значения. Это почти всегда указывает на заимствованную, чаще всего тюркскую или кавказскую, основу. Скорее всего, в основе лежит личное имя или прозвище Дондай. В тюркских языках корень «дон» может означать «замерзать», «леденеть», а также фигурировать в именах со значением «крепкий, стойкий, как лед». В осетинском языке, например, есть слово «дон» — «вода», «река», что тоже могло лечь в основу прозвища. Таким образом, Дондай — это человек, получивший имя или прозвище по какому-то качеству, связанному с водой, холодом или твердостью характера.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычных основ. Фамилия Дондаев (и его женская форма Дондаева) строится по схеме «чей?» — сын или потомок Дондая. Встречается она преимущественно в регионах, где исторически были сильны тюркские и кавказские влияния: в Поволжье, на Северном Кавказе, а также среди татар и башкир. Встречается и вариант написания через «о» — Дондаев, что фонетически более точно передает произношение.

С точки зрения социальной истории, фамилия Дондаева не относится к числу дворянских или старых московских боярских родов. Это фамилия позднего происхождения, которая закрепилась в крестьянской или казачьей среде, а также среди народов, вошедших в состав Российской империи. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были людьми незнатного происхождения, но с яркими личными качествами, за которые и получили свое прозвище. Спорных версий у этой фамилии немного: она настолько прозрачно указывает на неславянский корень, что попытки вывести ее, скажем, из диалектного русского «донда» (нечто невнятное) выглядят натянутыми. Основная научная гипотеза — тюркская или кавказская основа с последующей обрусевшей формой.