Фамилия Донниковы образована от личного имени Донник. В старину на Руси было принято давать детям мирские, нецерковные имена в честь растений, животных или явлений природы. Донник — это медоносное душистое растение семейства бобовых с белыми или жёлтыми цветками. Считалось, что, называя сына Донником, родители передают ему силу и полезные свойства этого растения, а сама природа принимает ребёнка как своего. Такие имена, как Волк, Соловей, Берёза или Донник, были частью древней славянской традиции.

В основе фамилии — суффикс -ов, типичный для русских отчеств: Донников буквально означает «сын Донника». Со временем имя превратилось в наследственное родовое прозвание. Слово «донник» происходит от названия растения, но в народной речи могло закрепиться и как прозвище человека, который занимался сбором трав, пчеловодством или жил на заливных лугах, где донник растёт в изобилии.

Точное место и время появления фамилии Донниковы установить сложно — процесс становления русских фамилий был долгим и неравномерным. Однако по модели образования и корню можно уверенно отнести её к пласту русских фамилий, возникших из мирских имён. Встречаются варианты написания: Донников и Донникова (женская форма). Редкость фамилии объясняется тем, что имя Донник не было распространено так широко, как, скажем, Иван или Пётр.

Фамилия Донниковы — живой памятник народной ономастики, сохранивший связь с растительным миром и крестьянскими традициями имянаречения.