Фамилия Дойкова — женская форма фамилии Дойков, а та образована от мужского личного имени Дойко. Это имя, в свою очередь, является краткой, уменьшительной формой от крестильного имени Дорофей (в просторечии — Дорофейко, Дорошко, Дойко). Дорофей — греческого происхождения, означает «дар божий». Таким образом, в основе фамилии лежит церковное имя, которое в быту сократили до ласкательного варианта, а затем закрепили в фамилии.

Суффикс -ов- в фамилии Дойков типичен для русской ономастики: он указывает на принадлежность («чей?»). Дойков — буквально «сын Дойка». Такая модель массово сложилась в XV–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по имени отца. В северных и центральных губерниях России фамилии на -ов встречаются особенно часто, и Дойков — не исключение.

Географически фамилия Дойков (и Дойкова) чаще всего встречается в Брянской, Смоленской областях, а также в Беларуси и на востоке Украины. Это объясняется тем, что форма «Дойко» характерна для западнорусских и белорусских говоров, где усечение полных имён до -ко было нормой. В других регионах России то же имя Дорофей могло дать фамилии Дорофеев, Дорохов или Дорошков.

Стоит отметить, что фамилия Дойкова не имеет отношения к слову «доить» или «дойка», как может показаться на первый взгляд. Хотя в народе её могли переосмыслить, ошибочно связав с молочным делом, этимология здесь именно именная, а не профессиональная. Это частый случай, когда внешняя схожесть с бытовым словом вводит в заблуждение.

В дореволюционных переписях носители фамилии Дойковы фиксировались в основном среди государственных крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно — она оставалась простонародной, что типично для отчеств от уменьшительных форм крестильных имён. Сегодня фамилия редкая, но не исчезающая: её можно встретить в современных телефонных справочниках и базах данных.