Фамилия Дубинкин — классический пример русской «патронимической» фамилии, то есть образованной от имени или прозвища отца. Её основа — прозвище Дубинка, которое в старину было не обидным, а вполне ходовым. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Дубинкин, то есть сын, потомок Дубинки. Такая модель была одной из самых распространённых в северных и центральных русских землях, особенно в Новгородской и Вологодской губерниях, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Прозвище Дубинка, в свою очередь, восходит к слову «дубина» — от «дуб». Дуб в древнерусской культуре ассоциировался не только с крепостью и долголетием, но и с упрямством, простотой. Поэтому прозвища Дубина, Дубинка давали людям разного склада: либо рослому и сильному человеку, которого «не согнуть», либо, напротив, медлительному и несговорчивому. В словаре русских прозвищ встречаются оба значения — и «крепкий, как дуб», и «тугодум». Второй вариант, кстати, не считался оскорбительным: в крестьянской среде «дубиной» называли человека прямого и надёжного, без хитрости.

Есть и другая, менее очевидная версия: прозвище могло быть связано с орудием — дубинкой как простейшим видом оружия. В этом случае предок мог быть сторожем, охранником или просто человеком, который ходил с дубиной в дорогу. Однако в ономастике (науке о собственных именах) эта гипотеза считается менее вероятной, чем прозвище по характеру или внешности: фамилии от названий орудий труда встречаются реже, чем от качеств человека.

Фамилия Дубинкин — довольно редкая. В отличие от массовых Дубининых (от «дубина» с тем же корнем), форма с суффиксом -кин сохранила уменьшительно-ласкательный оттенок: Дубинка — это не столько «большая дубина», сколько «маленькая дубинка», что могло быть домашним, внутрисемейным прозвищем. Такие фамилии часто возникали в среде, где человека звали по отцу не в официальных бумагах, а в быту, и лишь потом закреплялись в документах.

По сословной принадлежности носители фамилии Дубинкин, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано — это «народная» фамилия, типичная для северных и поволжских регионов. Встречается она и сегодня, но остаётся малочисленной.