Фамилия Дубинкер — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем этимология. Скорее всего, это вариант фамилии Дубинский с характерным еврейским суффиксом -ер, который в восточноевропейской традиции часто указывал на выходца из конкретного места. Основа здесь — топоним Дубинка или Дубины: такие названия встречаются в Беларуси (например, деревня Дубинка в Гродненской области), на Украине и в Польше. Фамилии на -кер, -ер (типа Ковнер, Бродер, Лодзер) как раз и означали «тот, кто из…», то есть Дубинкер — «человек из Дубинки».

Вторая версия, менее вероятная, возводит фамилию к прозвищу от слова «дубина» — в значении «простой, упрямый человек». Но тогда логичнее было бы ждать форму Дубин или Дубинин, а не Дубинкер. Суффикс -кер в русской и украинской среде нехарактерен — он типичен для идиша и немецкого, поэтому первая гипотеза (топонимическая с еврейским суффиксом) выглядит убедительнее.

Написание через «к» (Дубинкер, а не Дубингер) указывает на ашкеназское произношение, где звонкие согласные на конце оглушаются. В метрических книгах XIX века такую фамилию могли записывать по-разному: Дубинкер, Дубинкир, а иногда и Дубингер — в зависимости от того, как слышал писарь. Сословно носители чаще всего относились к мещанам или купцам еврейского происхождения из черты оседлости.

Однокоренные фамилии — Дубинский, Дубинин, Дубинец — имеют славянскую природу, а Дубинкер стоит особняком. Если ваш предок носил эту фамилию, он почти наверняка происходил из небольшого местечка на западе современной Беларуси или востока Польши, где фамилии на -ер были обычным делом.