Фамилия Дубяков принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвищ, и ее корень уходит в народную речь, а не в церковные святцы. В основе лежит слово «дуб» или его производные, но не в прямом значении «дерево», а в переносном, характеризующем человека.

Наиболее вероятное объяснение — прозвище Дубак или Дубяк. В русских говорах «дубаком» называли упрямого, крепкого, иногда грубоватого человека, «крепкого дубом», то есть стойкого, но негибкого. Такое прозвище мог получить и крестьянин, и посадский человек — социального барьера не было. Суффикс -як в прозвищах (ср. «простак», «добряк») часто придавал слову оттенок свойства характера, а не профессии. Далее, от прозвища Дубяк по стандартной модели XV–XVII веков с помощью суффикса -ов образовалась фамилия, означавшая «сын Дубяка»: сначала Дубяков сын, затем просто Дубяков.

Есть и вторая, менее вероятная, но возможная версия. В некоторых регионах «дубяком» могли называть человека, который занимался дублением кож — выделкой кож с использованием дубовой коры. Однако для ремесленника типичнее было бы прозвище Дубильщик, а фамилия от него — Дубильщиков. Версия с дублением — скорее народная этимология, хотя полностью исключать её нельзя, особенно если предки жили в местах, где кожевенное производство было распространено.

Географически фамилия Дубяков встречается в центральных и южных областях России, особенно в Поволжье и на Дону, где были сильны казачьи традиции. В казачьей среде крепкое и прямое прозвище «Дубак» было вполне уместно. Ударение в фамилии устойчивое — на последний слог: Дубяко́в.

Однокоренные фамилии — Дубаков, Дубинин, Дубов — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Дубяков стоит в этом ряду особняком: суффикс -як указывает на личностную характеристику, а не на принадлежность к месту или роду занятий, что делает фамилию «прозвищной» по своей природе.