Фамилия Дудненко — характерный пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала главным способом образования фамилий на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко изначально означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть Дудненко — это буквально «сын Дудны» или «маленький Дудна». Основа здесь — прозвище Дудна, которое, в свою очередь, образовано от слова «дуда» — старинного народного духового инструмента, вроде волынки или свирели.

Прозвище Дудна могли дать музыканту-дударю, человеку, который играл на дуде или изготавливал такие инструменты. В украинских сёлах дудочники и дудари были заметными фигурами на ярмарках и свадьбах, так что прозвище легко закреплялось и передавалось детям. Однако есть и другой вариант: в южнорусских и украинских говорах «дудой» могли назвать болтливого, пустого человека или того, кто постоянно «дудит» — то есть твердит одно и то же. Такое прозвище тоже могло стать основой для фамилии.

По географии фамилия Дудненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины — Полтавской, Черкасской, Сумской, а также в южных регионах. В России она распространена в Краснодарском крае и Ростовской области, куда переселялись украинские казаки и крестьяне в XIX веке. Интересно, что в некоторых переписях XIX века встречаются варианты написания — Дудненко и Дуднѣнко, что связано с особенностями тогдашней орфографии и произношения.

Родственные фамилии — Дудка, Дудко, Дудников, Дудченко — все они отталкиваются от того же корня «дуд». Но Дудненко выделяется именно суффиксом -енко, который чётко указывает на украинское происхождение и на то, что предок носителя фамилии был известен в своей округе как «Дудна» — либо как искусный музыкант, либо как говорливый человек, чья речь напоминала монотонный звук дуды.